這座位於扇谷最深處的寺廟屬於臨濟宗建長寺派，四周綠意環繞。海藏寺原屬真言宗，1153年（建長5年）奉宗尊親王之命，由藤原仲能擔任創建人重建七堂伽藍。但1333年（元弘3年）鎌倉幕府滅亡之際，七堂伽藍也在戰火中燒毀。1394年（應永元年）由第二代鎌倉公方（室町幕府派出機關鎌倉府的長官）足利氏滿下令上杉氏定將其重建為禪宗寺廟。第一代住持是因謠曲（能樂劇本）「殺生石」而廣為人知的心昭空外（源翁禪師）。之後一直受到扇谷上杉氏的庇護。由1791年（寛政3年）年的境內圖可以看出寺廟主要的格局幾乎與現在完全相同，同時圖上也繪有塔頭七院。

佛殿（藥師堂）是1775年（安永5年）年由淨智寺遷移至此地，供奉胎內有藥師像尊顏的藥師如來像（別名啼藥師）及十二神將像等神祇。門前有一座底脫之井（鎌倉十井），境內南邊的石窟裡則有一座十六之井。

此外這裡一年四季都綻放著各色花卉，是鎌倉數一數二的知名「花寺」。春天的垂絲海棠、夏天的凌霄花、初秋的胡枝子與初春的梅花特別令人驚豔。本堂後方還有一座廟方精心維護的迴遊式庭園，但不對外開放。

鎌倉三十三觀音第26號。鎌倉二十四地藏第15號。